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在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。
巴氏滅菌法的優點是，在殺滅細菌的同時，還能盡量減少營養損失，飲品的風味口感。但是，由于滅菌不徹底，飲品中還保留了少量無害或者有益的、比較耐熱的細菌和細菌芽孢，所以使用巴氏消毒的飲品需要在4度左右的低溫環境中保存，并且保質期比較短，長也就半個月左右。
