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中藥，尤其直接入藥的藥材，由于產于土垠。生于空氣中，在貯放環境 中茗通風及衛生條件不符合要求，也易造成昆蟲、細菌的繁殖，故在洗藥，常規干燥時，難以將生物及微生物或卵、螨等清除或殺滅。因而，此種藥材即使經粉碎、過篩后也難以符合中國藥典所規定的雜菌指標要求，必須對其進行滅菌處理。麻黃、生草鳥、甘草、穿心蓮經微波加熱、烘箱和未經加熱的樣品，從成分含量測定的結果分析，生物堿、內脂、有機酸等對微波加熱較穩定。烏頭堿經微波處理后，基本上沒有被破壞，一般滅菌時間為3～6分鐘。
微波用于中藥滅菌提取的良好的效果。曾用三種微波發生裝置：2450MHZ隧道式微波加熱器；2450MHZ直波導微波機；2450MHZ組合波導微波機。分別對丸藥樣品進行滅菌，含菌數比未經處理的樣品降低74%～99%，微波滅菌的飲片含菌數比未經處理的降低99%，如微波處理的當歸，經分析測定其揮發油的氣相色譜圖，其主要成分無多大變化，而沸點低的其揮發油則明顯減少。
微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
