金針菇由營養器官(菌絲體)和繁殖器官(子實體)兩大部分組成。
(1)菌絲體由孢子萌發而成， 在人工培養條件下，菌絲通常呈白色絨毛狀，有橫隔和分枝，很多菌絲聚集在一起便成菌絲體。和其它食用菌不同的是，菌絲長到一定階段會形成大量的單細胞粉孢子(也叫分生孢子)，在適宜的條件下可萌發成單核菌絲或雙核菌絲。有人在試驗中發現，金針菇菌絲階段的粉孢子與金針菇的質量有關，粉孢子多的菌株質量都差，菌柄基部顏色較深。
(2)子實體主要功能是產生孢子，繁殖后代。金針菇的子實體由菌蓋、菌褶、菌柄三部分組成，多數成束生長，肉質柔軟有彈性。菌蓋呈球形或呈扁半球形，直徑1.5～7厘米，幼時球形，逐漸平展，過分成熟時邊緣皺折向上翻卷。菌蓋表面有膠質薄層，濕時有粘性，色黃白到黃褐，菌肉白色，中央厚，邊緣薄，菌褶白色或象牙色，較稀疏，長短不一，與菌柄離生或彎生。菌柄中央生，中空圓柱狀，稍彎曲，長3.5～15厘米，直徑0.3～1.5厘米，菌柄基部相連，上部呈肉質，下部為革質，表面密生黑褐色短絨毛，擔孢子生于菌褶子實層上，孢子圓柱形，無色。
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