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紫錐菊花因為品種差異與栽培季節的不同，其中的活性成分可能有極大的差異，例如指標成分菊苣酸的含量以紫錐菊，達 2.0-2.68% ，但是狹葉紫錐菊和白花紫錐菊僅含 0.02-0.49% 。另一種活性成分烷酰胺，在相同植株的不同部位也差異頗大，通常以種子的種皮，其次為根、莖、筒狀花、葉片和舌狀花。
另外影響紫錐菊品質重要的因素莫過于病蟲害，病蟲害也會影響到活性成分的含量，例如根腐病、霉漿病( mycoplasma )都會減少菊苣酸含量達 50% 以上。如果紫錐菊罹患根腐病而未發覺，不僅會影響周遭健康的植株，加工萃取之后也會影響到萃取液的安定性和風味，因此在材料收獲時即須嚴加控管。紫錐菊提取物主要成份菊苣酸是使用廣泛的藥用植物，一般用于感冒、牙疼、毒蛇咬傷和其它外傷。美國多年以來應用其作為增強免疫系統和清血的替代醫藥，特別是在季節變化和感冒咳嗽多發季節。
紫錐菊的主要活性成分，多酚，咖啡酸衍生物和多糖
