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潔凈室的分類方法很多，但多的分類方法是按潔凈室的使用性質和潔凈室的氣流流型來分。
1.?按潔凈室的使用性質劃分為：①工業潔凈室。例如電子工業、機械工業、化工工業等用的潔凈室。②生物潔凈室。例如生物制藥、食品、實驗動物飼養，潔凈手術部等。③生物安全實驗室。研究高危害性、傳染性、病菌病毒等微生物的潔凈室。
