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酶在植物提取中的作用是使植物材料降解形成更疏散的結構，有時甚至完全溶解植物材料以使植物的有效成分較大限度地溶出，達到較高的提取收率。另外酶還可催化有效成分轉化成活性更強的形式，其中，生物轉化的一種重要類型是糖基水解，它可通過酶催化或酸法水解的方式達到。去糖基后會導致有效成分水溶性變差，如果水解程度可有效控制，則采取相應的處理工藝可進行有效的提取。
植物的各部分都可被用于有效成分提取，而在植物不同部位，如根、莖、種子等之間的化學成分有很大差別。在果汁和飲料工業中已有許多種工業酶制劑被用于從植物內部釋放更多產物。因此，在這項應用中必須先根據原材料的特性在實驗室中通過實驗的方法確定的酶。
