IBM x3650 M3標配一顆32納米至強5600處理器,六核心Intel Xeon E5620處理器,核心頻率2.4GHz,共享12MB L3緩存,具備5.86GT/s的QPI總線。從M2升級到M3,以能夠充分發揮至強5600的性能,并支持至強5500系列,同時擴展了內存和存儲。
內存方面,共提供了18個內存插槽,較大支持192GB DDR3 RDIMM或48GB DDR3 UDIMM,更加適合于虛擬化應用的需求,這款標配1條4GB 1.5V DDR3 RDIMM內存。存儲方面也進行了擴展,標配不提供SAS硬盤,M3多支持16個2.5英寸熱插拔SAS/SATA或固態硬盤驅動器,支持RAID 0/1,可選RAID5。網絡方面集成雙千兆以太網網卡,電源為675W,可選冗余。