（1）發明專利申請的主動修改。根據專利法實施細則第51條第1款的規定，發明專利申請人在提出實質審查請求時以及在收到專利局發出的發明專利申請進入實質審查階段通知書之日起的三個月內，可以對發明專利申請主動提出修改。
即在這兩個時間點，申請人可以對其申請文件進行主動修改。為何要規定這兩個時間點呢？
原因是此時尚未開始實質審查，而審查員開始審查時，可以直接依據申請人修改后的申請文件、尤其是權利要求進行審查。或者說，審查員可以直接針對修改后的權利要求進行新穎性檢索和創造性判斷。而如果將主動修改的時間拖后，將可能造成審查員針對申請人提交的原始申請文件進行檢索，而檢索后申請人通過修改改變了權利要求，將造成審查員在先的檢索工作白做。
因此，在提出實審請求時，及收到專利局發出的進入實質審查階段通知書后的三個月內進行主動修改，對發明專利的實審工作將最為有利。當然，從申請人的角度來講，修改的時機當然是越靠后越合適。是否將來能允許申請人主動修改的時間再靠后一些，應當是需要考慮和平衡的問題。
（2）發明專利申請被動的修改。根據專利法實施細則第51條第3款的規定，如果申請人在收到專利局發出的審查意見通知書后修改專利申請文件，應當針對通知書指出的缺陷進行修改，該規定就是被動的修改。即修改時只能針對通知書中指出的缺陷，而未指出的部分不能進行修改。原因是如果允許對未指出的部分可以進行修改，則基于未指出的部分已經有了結論，如果允許再修改，等于審查員還要針對修改后的權利要求進行再次檢索，將造成審查工作的浪費。
實用新型專利和外觀設計專利申請人修改申請文件的時間被限制為自申請日起3個月內。同時，法律對專利申請文件的修改有限制性規定，即對發明或者實用新型申請文件的修改，不得超出原說明書和權利要求書所記載的范圍。對外觀設計專利申請文件的修改，不得超出原圖片或者照片所表示的范圍。也就是說，對說明書的修改，主要限于非實質性部分，對于實質性部分，比如發明目的、技術解決方案和實施例等，則不允許修改。權利要求書的修改，應當以說明書為依據，不能超出說明書的范圍。對外觀設計圖片或者照片的修改，僅限于對不清晰的線條或者對視圖的明顯差錯部分的修改。
從法定修改的時機來講，應當說就是上述兩種情況。當然，也有例外的時候，即根據審查指南的規定，如果申請人在“非法”的時間里提出了修改，或者超出通知書指出的缺陷進行了修改，如果這樣的修改被審查員接受了，即審查員認為該修改是正確的，具有授權前景，可以加快審查程序，這樣“非法”的修改可以轉為“合法”的修改。盡管這樣的情況出現的并不多，但審查指南該規定顯然是合理的，即開了個口子，體現了專利局尊重申請人、服從真理的認真態度。
