微波殺菌是微波熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。
從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸（RNA）和脫氧核糖核酸（DNA）是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時間、產品品持、產品保質期及節能方面都有明顯的優勢。
1、選擇性加熱。利用這一特點可做到均勻干燥。
2、熱效率高。微波是直接對物料進行作用，因而沒有額外的熱能損失，熱效率高，生產環境也友善。
3、時間短，效率高。微波加熱是使被加熱物體本身成為發熱體，不需要熱傳導的過程。使物體在很短時間內達到均勻加熱，縮短了干燥時間。
4、易于控制，工藝先進。微波設備即開即用，沒有熱慣性，操作靈活方便，微波功率可調，傳輸速度可調。在微波加熱干燥、殺蟲殺菌過程中，無廢水，無廢氣產生。
