潔凈室凈化工程設計是一項相關專業綜合完成的設計技術，它與一般工業廠房設計有類似之處但也有獨特之處，其主要的特點如下：
(1)、根據潔凈室凈化工程擬生產的產品的門類、品種或使用情況，確定所設計潔凈室凈化工程的控制對象及技術要求。如對生物潔凈室凈化工程，其控制對象是空氣中的塵粒、微生物；面不同產品或用途的生物潔凈室凈化工程，對空氣潔凈度等級、空氣中含有的微生物種類和濃度、壓差等的要求是不同的。又如集成電路生產用潔凈室凈化工程．其控制對象主要是空氣中的塵粒；按集成電路的特征尺寸、集成度的不同，對空氣潔凈度等級、防微振、高純物質等的要求是不同的，應按照具體工廠的產品品種確定。
(2)、為確保潔凈室凈化工程內所必須的空氣潔凈度，潔凈室凈化工程設計中涉及到的各個專業設計均應采取妥善的、可靠的技術措施，以減少或防止室內產塵、滋生微生物，減少或阻止將微粒微生物或可能會造成交叉污染的物料帶人潔凈室凈化工程內，有效地將室內的微粒微生物排出，以減少或防止它們滯留潔凈室凈化工程內。對于因塵粒脆生物或物料的交叉污染會危害產品雨量或人身安全時．還應采取安全、可靠的技術措施防讓交叉污染，如嚴格控制不同用選的潔凈室凈化工程之間的靜壓差，按要求合理地劃分凈化空調系統以及回風系統的妥善設計等。
(3)、潔凈室凈化工程設計是各專業設計技術的綜合，尤其是潔凈室凈化工程的工藝設計、空氣凈化設計和各種特殊要求的設計技術的密切協同、相互滲透和合理安排的綜合設計。潔凈室凈化工程設計應做到順應工藝(或使用)流程、合理選擇各類設備和裝置、盡力實現人流和物流的順暢短捷、氣流流型選樣得當、凈化空調系統配置合理、各種特殊要求的技術措施得當，潔凈廠房的平面、空間布置合理，實現可靠經濟運行的潔凈廠房設施。
(4)、潔凈室凈化工程設計應確保安全生產和滿足環境保護的要求。潔凈室凈化工程的稍置和各項設施的設計均必須符合消防、防火的要求，應按國家的有關標準、規范進行設計，由于潔凈室凈化工程內的平面和空間有差異性、走道曲折等特點，在進行各項技術設施的系統設計、設備配置和材質選樣時，必須特別注意按規定選用符合要求的系統、設備和材料。
(5) 、隨著科學技術的發展，工業產品的更新換代很快，人們對生活質量要求也越來越高，工業潔凈室凈化工程、生物潔凈室凈化工程的建造日新月異，因此潔凈室凈化工程設計本身便具有高新技術、技術密集和資金密集的特點，為了提高潔凈室凈化工程建成后的技術經濟效益，在進行潔凈室凈化工程設計時應設法盡可能地考慮一定的靈活性，以便使建成后的潔凈室凈化工程能隨著科學技術的發展更方便地進行技術改造，適應產品換代或設備更新的要求。近年來，在微電子工業超大規模集成電路生產、醫藥工廠用潔凈廠房設計、建造中，模塊式潔凈室凈化工程、隔離裝置及微環境的不斷研究開發，并被廣泛采用，便是一種能夠適應技術發展的靈活的及有綜合經濟性的潔凈廠房設計。