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不管生物肥料的歷史，微生物制劑仍繼續向前發展。自20世紀80年代開始，人們以極大的精力關注著用于環境和農作物的生物肥料，其原因是這類產品能有效地解決存在的一些問題，特別是無公害和消除環境的污染。因此，要研制出一種既具有肥料功能，又具有消除環境污染的能力，就十分困難。其難點在于：（1）一種微生物具有提供植物營養功能（如固氮基因等），但不一定能具有分解污染的能力（即分解物質的基因）。要實行基因轉移十分困難，還要巨大的投資。（2）土壤污染物種類很多，現已有105種以上的物質對環境造成了污染。這些污染物結構和化學成分各不相同，所以不可能用105種微生物混合一起來做成制劑。基因轉移更難以達到；（3）生物殺蟲劑和生物除莠劑等的原理和菌種差異十分巨大，原則上為一菌一種用途。所以只能制成單一的菌劑。而且發揮作用的時間較長。（4）生物肥料中的菌劑有些不是典型的土壤微生物，當其制成菌劑施入土壤后難以成活，而且在使用前通常也只能保持3個月的貨架期。
有機肥俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。另外還包括餅肥（菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等）；堆肥；漚肥；廄肥；沼肥；綠肥等。主要是以供應有機物質為手段，借此來改善土壤理化性能，促進植物生長及土壤生態系統的循環。
