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改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。
微生物菌肥
(1)底肥追肥:畝用本品1-2公斤，與農家肥、化肥或細土混均后溝施、穴施、撒施均可。
(2)溝施穴施:幼樹環狀溝施，每棵用200克，成年樹放射狀溝施，每棵用0.5-1公斤，可拌肥施，也可拌土施。
(3)蘸根灌根:畝用本品1-2公斤，兌水3-4倍，移栽時蘸根或栽后其它時期灌于根部。
(4)拌苗床土:每平方米苗床土用本品200-300克與苗床土混勻后播種。
(5)園林盆栽。花卉草坪，每公斤盆土用本品10-15克追肥或作底肥。
(6)沖施:根據不同作物畝用本品1-2公斤與化肥混合，用適量水稀釋后灌溉時隨水沖施。
生態有機肥營養元素，能夠改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板結。改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力。
生物有機肥中的有益微生物進入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關系，抑制有害菌生長并轉化為有益菌，相互作用，相互促進，起到群體的協同作用，有益菌在生長繁殖過程中產生大量的代謝產物，促使有機物的分解轉化，能直接或間接為作物提供多種營養和刺激性物質，促進和調控作物生長。
提高土壤孔隙度、通透交換性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及種群。同時，在作物根系形成的優勢有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增強作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指數，連年施用可大大緩解連作障礙。減少環境污染，對人、畜、環境安全、無毒，是一種環保型肥料。
