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目前的生態廁所利用率多的是微生物菌種分解糞便的廁所，它利用其生長繁殖活動對糞便中可利用的大分子有機化合物進行生物降解并轉化為菌體生物量，競爭性的抑制并殺死糞便中的病原性微生物，吸附、降解、轉化糞便中產生的臭味物質，實現了糞便的無害化、資源化處理。能達到零排放的功能，對環境完全不造成任何污染。
對生態廁所的稱謂有多種：生態環保廁所、生物廁所、微生物廁所、干式攪拌廁所等等。
生態廁所按其發展完善過程可分為：
代模仿型生態廁所，是在國外引進機的基礎上模仿而成的，特征是糞尿直入主機，進行生物處理。
第二代改進型生態廁所, 在代的基礎上，根據國情改進成型的，特征是糞尿分離，大便直入主機，進行生物處理；小便引出主機進入其它系統處理排放。
第三代完善型生態廁所，在第二代的基礎上，增加負壓通風系統，充分改善了廁內的如廁環境。
第四代創新型生態廁所，是生態廁所發展的里程碑，它有許多關鍵點的突破，比如動態的固液分離器；自動出渣裝置；用電量的大幅下降等等。
生態廁所按用途不同可分為：免沖生態廁所、水沖生態廁所、循環沖生態廁所、太陽能免沖生態廁所、手搖生態廁所等。
