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3特點：毛細管電泳通常使用內徑為25-100 μm 的彈性（聚酰亞胺）涂層熔融石英管。標準毛細管的外徑為375 μm，有些管的外徑為160 μm。毛細管的特點是：容積小（一根100 cm×75 μm 管子的容積僅4.4 μL）；側面/截面積比大，因而散熱快、可承受高電場（100-1000 V/cm）；可使用自由溶液、凝膠等為支持介質；在溶液介質下能產生平面形狀的電滲流。
由此，可使毛細管電泳具備如下優點：
（1）塔板數目在105-106 片/m 間，當采用CGE 時
，塔板數目可達107 片/m 以上；
（2）快速一般在十幾分鐘內完成分離；
（3）微量進樣所需的樣品體積為nL 級；
（4）多模式可根據需要選用不同的分離模式且僅需一臺儀器；
（5）經濟實驗消耗不過幾毫升緩沖溶液，維持費用很低；
（6）自動CE 是目前自動化程度較高的分離方法。
毛細管電泳的缺點是：
（1） 由于進樣量少，因而制備能力差；
（2） 由于毛細管直徑小，使光路太短，用一些檢測方法（如紫外吸收光譜法）時，靈敏度較低；
（3）電滲會因樣品組成而變化，進而影響分離重現性。
應用：綜述：CE具有多種分離模式（多種分離介質和原理），故具有多種功能，因此其應用十分廣泛，通常能配成溶液或懸浮溶液的樣品（除揮發性和不溶物外）均能用CE進行分離和分析，小到無機離子，大到生物大分子和超分子，甚至整個細胞都可進行分離檢測。它廣泛應用于生命科學、醫藥科學、臨床醫學、分子生物學、法庭與偵破鑒定、化學、環境、海關、農學、生產過程監控、產品質檢以及單細胞和單分子分析等領域。
目前，CE分析技術被藥物分析工作者在藥品檢驗領域迅速推廣應用。藥物分析大致可以分為兩部分：一、原藥的定量、原藥中雜質的測定、藥劑分析以及對它們穩定性的評價等以藥品質量管理為目的的測定方法。這些方法要求有良好的選擇性、適當的分析靈敏度和的準確度等；二、對進入人體內的藥物或代謝物的吸收、分布、代謝、排泄等體內動態的研究，即臨床藥物分析。這兩部分的測定一般需要分離和檢測手段相結合。
