溫度的準確性是指樣品孔溫度與設定溫度的一致性,它直接關系到實驗的成敗。如果排除樣品加入過程中的問題,對于PCR反應而言重要的莫過于溫度控制的準確性,由于PCR是一個幾何級數擴增的過程,擴增過程中退火溫度的細微變化會被放大而直接影響結果,不論是變性、退火還是延伸都需要準確控制溫度,對退火溫度而言溫控顯的尤為重要,有時1度甚至0.5度的差異也能決定實驗的成功與失敗,所謂差之毫厘,謬之千里。因而對PCR擴增儀而言溫度控制就意味著質量。
溫度的均勻性是指樣品孔間的溫度差異,它關系到在不同樣品孔進行反應結果的一致性。我們在實驗中發現有時用同樣的樣品,同樣的PCR反應程序,后的結果竟然差異非常明顯,或許就是因為不同位置的溫度不均一性所致。一些使用過早期PCR儀的腦子格外靈光的研究人員偏愛使用PCR儀中間某幾個固定的孔,就是因為過往反復的教訓和認真的思索得出了這樣的結論,PCR儀的溫度均勻性不好,特別是外周的樣品孔情況更差,很有可能影響實驗結果——即“位置的邊緣效應”會影響結果的可重復性。正是這種位置效應對定量PCR的結果的影響更為明顯,所以后來才有Roche和Cobbett的離心式定量PCR的重大創新。
溫度控制除了度,還有一個廠家喜歡大力宣傳的指標——升降溫的速度。更快的升降溫速度,可以縮短反應進行的時間,而且縮短了可能的非特異性結合、反應的時間,能提高PCR反應煌特異性。因此從本質而言溫控方式就從以前相對穩定耐用的機械式轉向了升降溫更快速的半導體。
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